基督教的聖經記載，耶穌為了救贖世人，自願釘上十字架，而在台灣的媽祖，也曾經為了救百姓的性命，就算犯了天條坐牢都在所不惜。
清同治元年(1862)的大地震，摧殘了茅港尾街，也震垮了茅港尾天后宮。茅港尾的地位，因港道淤積、戰火摧殘、地震逆襲等，逐漸禮讓給了麻豆港。這場地震同時也衍生出「媽祖為民禁錮百年」的傳說。
話說清同治元年，媽祖預示子民地震，但又不能明講，因此只能指示「示夜必有滔天大罪，眾當慎之」，但當時沿海地區，海盜侵擾不斷，居民以為媽祖指的是海盜之事，因此紛紛躲進家中，將門封上並在地上撒豆。不料，當晚強震來襲，屋門又都封上釘死，眾多百姓紛紛罹難。此強震不僅摧殘了茅港尾莊，連天后宮也幾近震毀。上蒼將此難責怪媽祖洩露天機，將媽祖帶回天庭禁錮，可憐且慈悲的媽祖因而短暫離開了茅港尾。
天后宮震垮後，董事許媽超發起重建。許媽超是茅港尾人，在當地是位「名人」，自幼父母雙亡，後被王得祿認為義子，帶往中國，但他生來蠻橫，又驕養成習，不時肇事，於是被王得祿遣返台灣。曾經在北港媽過境茅港尾時，擋在路中並大鬧香陣，大聲嚷嚷「有茅港尾許媽超就沒有北港媽祖；有北港媽祖就沒有茅港尾許媽超」，讓大家頭痛不已。曾有位地理師，發現茅港尾位處龍穴，於是誘騙許媽超挖斷龍脈，茅港尾因此不再風華。這樣蠻橫的惡霸，在同治十二年(1873)因案被捕，洪窮接任董事，繼續興工，直到清光緒六年(1880)才將天后宮重建落成。
民國五十年，信徒劉復朝作夢夢到媽祖告知其園中有神器，要小心處理。想不到隔日在耕田時，果然在離地面五吋處發現一石碑。或有一說為劉復朝的女婿一日在整地時，意外發現此碑。此碑便是清康熙五十七年的「茅港尾橋鐵線橋碑記」，現今立於廟埕左側停車格處。在民國五十二年時，媽祖又顯化一金鳳釵在廟頂上，金光閃閃，光耀奪目，信眾們深信這是媽祖回來的徵兆。而距媽祖受禁至回宮共一百零一年，是不是與經過一百零一年而於民國一百零八年恢復的「大北門進，大北門出」古香路如此巧合呢！
茅港尾天后宮主祀天上聖母，有鎮殿媽、「微笑媽祖」開基大媽、主風水地理的開基二媽、主醫藥的開基三媽、民國七十七年開光的巡香媽、以及民國一百零八年開光的港德媽，是軟身大媽副駕。龍虎邊配祀註生娘娘與福德正神。駕前的千里眼與順風耳將軍為少見的二轉體，亦即腳掌的方向與聖顏的方向幾近相反，有「瞻前顧後」之意，為茅港尾天后宮的特色之一。