基督教的聖經記載,耶穌為了救贖世人,自願釘上十字架,而在台灣的媽祖,也曾經為了救百姓的性命,就算犯了天條坐牢都在所不惜。
清同治元年(1862)的大地震,摧殘了茅港尾街,也震垮了茅港尾天后宮。茅港尾的地位,因港道淤積、戰火摧殘、地震逆襲等,逐漸禮讓給了麻豆港。這場地震同時也衍生出「媽祖為民禁錮百年」的傳說。

話說清同治元年,媽祖預示子民地震,但又不能明講,因此只能指示「示夜必有滔天大罪,眾當慎之」,但當時沿海地區,海盜侵擾不斷,居民以為媽祖指的是海盜之事,因此紛紛躲進家中,將門封上並在地上撒豆。不料,當晚強震來襲,屋門又都封上釘死,眾多百姓紛紛罹難。此強震不僅摧殘了茅港尾莊,連天后宮也幾近震毀。上蒼將此難責怪媽祖洩露天機,將媽祖帶回天庭禁錮,可憐且慈悲的媽祖因而短暫離開了茅港尾。

天后宮震垮後,董事許媽超發起重建。許媽超是茅港尾人,在當地是位「名人」,自幼父母雙亡,後被王得祿認為義子,帶往中國,但他生來蠻橫,又驕養成習,不時肇事,於是被王得祿遣返台灣。曾經在北港媽過境茅港尾時,擋在路中並大鬧香陣,大聲嚷嚷「有茅港尾許媽超就沒有北港媽祖;有北港媽祖就沒有茅港尾許媽超」,讓大家頭痛不已。曾有位地理師,發現茅港尾位處龍穴,於是誘騙許媽超挖斷龍脈,茅港尾因此不再風華。這樣蠻橫的惡霸,在同治十二年(1873)因案被捕,洪窮接任董事,繼續興工,直到清光緒六年(1880)才將天后宮重建落成。
民國五十年,信徒劉復朝作夢夢到媽祖告知其園中有神器,要小心處理。想不到隔日在耕田時,果然在離地面五吋處發現一石碑。或有一說為劉復朝的女婿一日在整地時,意外發現此碑。此碑便是清康熙五十七年的「茅港尾橋鐵線橋碑記」,現今立於廟埕左側停車格處。在民國五十二年時,媽祖又顯化一金鳳釵在廟頂上,金光閃閃,光耀奪目,信眾們深信這是媽祖回來的徵兆。而距媽祖受禁至回宮共一百零一年,是不是與經過一百零一年而於民國一百零八年恢復的「大北門進,大北門出」古香路如此巧合呢!

茅港尾天后宮主祀天上聖母,有鎮殿媽、「微笑媽祖」開基大媽、主風水地理的開基二媽、主醫藥的開基三媽、民國七十七年開光的巡香媽、以及民國一百零八年開光的港德媽,是軟身大媽副駕。龍虎邊配祀註生娘娘與福德正神。駕前的千里眼與順風耳將軍為少見的二轉體,亦即腳掌的方向與聖顏的方向幾近相反,有「瞻前顧後」之意,為茅港尾天后宮的特色之一。