現今的萬福庵顯然已是台南一處主祀齊天大聖爺的信仰重鎮，而在《台南古廟萬福庵 本為「阮夫人寺」》裡記載了萬福庵過去的歷史，這裡曾是明朝「英義伯」阮駿其夫人的台灣住所，阮夫人過世之後，附近居民深受阮夫人照顧，便將此宅改建為「阮夫人寺」，立寺建廟祭拜祂。
而後嘉慶年間才正式改名成「萬福庵」，那為何後來變成主寺齊天大聖的廟宇呢，《台南古廟萬福庵 本為「阮夫人寺」》裡記載了兩種說法…
因為萬福庵前有一顆奇特的樹，外型彷彿是一隻猴子在攀樹，才有人祭拜並稱是齊天大聖顯靈，結果萬福庵自然而然變成間大聖爺廟…
這棵榕樹原本是顆平凡的樹，但樹幹慢慢長出類似猴形的樹瘤，因此才開始傳出齊天大聖爺顯靈的說法，而這些攀樹瘤象徵猴孫齊聚，有子孫滿堂的意義。
而當地流傳，小朋友被嚇到晚上做惡夢，會哭鬧說「著猴」，因此家中小孩若被嚇到可以帶到萬福庵給大聖爺看看，祭拜一下大聖爺會有很好的改善，所以大聖爺很自然變成孩童守護神。
大聖爺尤其心疼生病的孩子，所以家裡孩子生病可以帶到大聖爺這加以庇佑，病情會得到好轉，而廟前這棵樹王公榕樹葉，也成為大聖爺的濟世寶物，根據之前說法，過去醫療不是如此發達，樹王公的榕樹葉子被大聖爺加持作為藥物救了許多人，所以許多長輩會跟樹王公祈求樹葉，回家將符咒化陰陽水，放入榕樹葉，幫小孩擦拭身體，希望能得到齊天大聖庇佑。